XIX a. pab. augančiose Šnipiškėse iškilo stačiatikių šventyklos poreikis, todėl 1891 m. miesto valdžia skyrė žemės jos statybai prie Kalvarijų g. Būsimoji cerkvė išsiskyrė tuo, jog ji buvo pirmoji, statyta ne tik kaip maldos namai, bet ir mokykla. Vėliau pagal panašų pavyzdį statytos cerkvės-mokyklos Naujininkuose ir Žvėryne.

Šv. Arkangelo Mykolo cerkvės šoniniai priestatai buvo pritaikyti daugiau nei 160 mokinių, įrengtos atskiros patalpos mokytojams. Be parapijos tikinčiųjų ir moksleivių, dažnais komplekso lankytojais buvo Šiaurės miestelyje įsikūrusių dalinių kariškiai – artimesnės stačiatikių šventyklos nebuvo.

Per 1941 m. nacionalizaciją cerkvė neteko dalies buvusių valdų, jos buvo užstatytos daugiabučiais namais, garažais, todėl aplinka nuo XIX a. pab. gerokai pakitusi. Vis dėlto, maldos namai ir kadaise mokyklai, o dabar šarvojimo reikmėms skirti priestatai išliko. Kompleksą projektavo inžinieriai V. Merežkovskis ir M. Prozorovas.