1568 m. Jėzuitų ordino įkūrėjas Ignacas Lojola rūpinosi pirmosios ir pagrindinės jėzuitų bažnyčios statyba Romoje. Taip buvo pastatyta Švč. Jėzaus Širdies bažnyčia Italijoje. Šioje bažnyčioje 1600 m. palaidotas pirmasis Lietuvos kardinolas Jurgis Radvila.

Dar 1566-aisiais Jurgio Radvilos brolis Mikalojus Kristupas Radvila Našlaitėlis lankėsi Romoje ir Valerijono Protasevičiaus pavedimu pakvietė jėzuitus į Lietuvą. Atvykę jėzuitai ėmėsi steigti kolegiją, o 1604 m., Šv. Kazimiero kanonizacijos metu, buvo pradėta statyti Šv. Kazimiero bažnyčia ir vienuolynas.

Šv. Kazimiero bažnyčia pastatyta pagal Romoje esančios jėzuitų Švč. Jėzaus Širdies bažnyčios pavyzdį – kryžiaus plano, su kupolu. Būtent ji ir tapo pirmąja barokine bažnyčia Vilniuje bei pradėjo barokinių bažnyčių statymo tradiciją mieste. Jėzuitų ordinui Vilniuje priklausė įvairių tautybių vienuoliai, buvo ir italų.

Su šiuo vienuolynu susiję garsūs jėzuitai: kalbininkas Konstantinas Sirvydas, istorikas Albertas Kojalavičius-Vijūkas, atronomas ir architektas Tomas Žebrauskas, muzikos ir retorikos profesorius Žygimantas Liauksminas.